农村征地补偿纠纷的法律处理方式主要有行政诉讼、行政复议、行政复议裁决、民事诉讼、征地补偿协调、裁决等方式，根据个案的不同特点应当启动不同的法律程序。

1、征地纠纷行政复议

行政复议：是指公民、法人或者其他组织不服行政主体作出的具体行政行为，认为行政主体的具体行政行为侵犯了其合法权益，依法向法定的行政复议机关提出复议申请，行政复议机关依法对该具体行政行为进行合法性、适当性审查，并作出行政复议决定的行政行为。是公民，法人或其他组织通过行政救济途径解决行政争议的一种方法。

行政复议的最大特点是可以跳出某个区域，如对某省国土资源厅的行为不服则可以向国土资源部申请复议，如果在承办案件过程中担心某地方存在地方保护，则应该选择这样的救济途径。

2、 征地纠纷行政诉讼

行政诉讼是指公民法人对具体行政行为不服而向人民法院起诉，有人民法院进行审理并作出判决、裁定的司法程序。即通常我们所说的“民告官”，这是解决行政争议的重要制度。

3、征地纠纷中的民事诉讼

在征地纠纷中，大多数进行的诉讼属于行政诉讼，民事诉讼时为数不多的，但是并不是所有的程序都要走行政诉讼，有时候也可以走民事诉讼的程序，如对于非法占地的行为，从民事角度考虑我们可以起诉民事侵权，要求停止侵害、赔偿损失、恢复原状。对于已经签订征地补偿协议，如果该协议签订过程中存在胁迫等手段，则从民事诉讼的角度起诉撤销该协议。总而言之办案子要开动脑筋不能死盯住行政诉讼，如果民事诉讼对我们更有利的话，则就应该设法走民事诉讼的程序。在征地纠纷中常发生的民事纠纷有：征地补偿协议纠纷;土地侵权纠纷;土地承包经营纠纷。

4、征地补偿协调裁决

征地补偿裁决也可以称之为征地补偿协调与裁决，是指对补偿标准有争议的，由县级以上地方人民政府协调;协调不成的，由批准征用土地的人民政府裁决，这是国家为减少、解决征地纠纷而推行的制度。机制可以分为两个部分，一是协调，而是裁决，协调是裁决的前置，未经协调的不能进入裁决。

如果在申请协调中遇到两级政府相互推诿的情况下，则应当在协调期满之日向征地批准机关申请裁决，若省内尚无协调裁决办法或协调裁决办法没有规定多长时间协调的，建议在60日后申请裁决。

5、征地纠纷听证制度

征地纠纷听证制度是指在土地征收纠纷中拟作出行政处罚、行政许可决定，制定规章和规范性文件时，主管部门组织听证，应当遵循公开、公平、公正和便民的原则，充分听取公民、法人和其他组织的意见，保证其陈述意见、质证和申辩的权利的制度。它可以分为两类，一类是主管部门依职权组织的听证，一种是申请人申请才组织的听证。

依职权组织的听证有：拟定或者修改基准地价;编制或者修改土地利用总体规划和矿产资源规划;拟定或者修改区域性征地补偿标准;制定规章和规范性文件;主管部门规定的其他情形。

需要申请人申请才组织的听证有：拟定拟征地项目的补偿标准和安置方案的;拟定非农业建设占用基本农田方案的。较大数额罚款、责令停止违法勘查或者违法开采行为、吊销勘查许可证或者采矿许可证等行政处罚的;国有土地使用权、探矿权、采矿权的许可直接涉及申请人与他人之间重大利益关系的;法律、法规或者规章规定的其他情形。

听证是失地农民参与征地审查报批、发表自己意见、了解案情的重要途径，当事人应该重视这项权利，积极地参加，有些地方在征地时并没有告知失地农民申请听证的权利，还有一些地方将申请听证的权利告知了村委会，而村委会未告知村民径行做出了不申请听证的决定，这样做侵犯了失地农民申请听证的权利。